房产抵押纠纷可以通过以下方式进行处理：

一、协商解决

双方当事人可以尝试进行友好协商，明确双方的权利和义务，对抵押房产的相关事宜，如价值评估、还款方式、逾期处理等，进行细致的讨论和约定。这是解决房产抵押纠纷最快捷、最常用的方式，也是成本较低的一种途径。

二、调解解决

如果协商无果，双方可以寻求第三方调解机构的帮助。调解机构通常由专业的调解员组成，他们具备丰富的经验和调解技巧，能够帮助双方在中立的环境下进行沟通和协商，找到解决问题的最佳方案。

三、诉讼解决

当协商和调解都无法解决纠纷时，当事人可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，需要提供充分的证据，如抵押合同、借款凭证等，以证明债务关系的存在以及房产抵押的合法性。法院会根据相关法律法规和证据进行审理，并作出公正的判决。一旦法院的判决书正式生效，当事人便不可再就同一争议事项向人民法院再次提起诉讼。

关于房产抵押纠纷的诉讼时效，根据相关法律法规规定，一般为三年。具体来说：

起算时间：基于主债权而涉及房屋抵押的，诉讼时效通常从主债权履行期限届满之日起计算。例如，借款合同约定的还款期限到期后，若借款人未还款，出借人基于该借款所涉及的房屋抵押主张权利的诉讼时效便开始起算。

中断与重新计算：在诉讼时效期间届满前，若出现权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等法定情形，诉讼时效会中断，并从中断时起重新计算。

最长保护期限：自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院一般不予保护。但特殊情况下，经申请，法院可以根据具体情况决定是否予以延长。

在处理房产抵押纠纷时，当事人应当注意相关法律法规的规定，并咨询专业律师以获取法律建议和帮助。同时，也要积极保留相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。